黄单胞菌属的属、种和种以下的分类从表型特征的数值分析，DNA-DNA同源性，rRNA-DNA杂交技术等方面进行研究。虽然黄单胞菌属和假单胞菌属的一些成员共享rRNA-DNA同源性，而黄单胞菌属特有的黄单胞菌色素和对植物的致病性以及一些生理生化特性与假单胞菌属明显不同（表1）。《伯杰细菌鉴定手册》第7版记述黄单胞菌属有120个种。数值分类和D N A同源性的研究表明黄单胞菌属只有少数种。1974年新西兰戴伊（D.W. D ye）等对大量菌株的表型特征分析发现只有4个种与典型种油菜黄单胞菌的生化试验有明显差异，因此在《伯杰细菌鉴定手册》第8版和《伯杰系统细菌学手册》列出5个种，即油菜黄单胞菌、白纹黄单胞菌、地毯草黄单胞菌、葡萄黄单胞菌、草莓黄单胞菌，其余种列为油菜黄单胞菌的致病变种。1978年根据表型特征，曾将白杨溃疡病的病原细菌（Aplanobacterium popu-li）移入本属作为一个种，即Xanthomonas populi，即将有效发表。近年来，根据rRNA-DNA杂交，DNA-DNA同源性等测定，已确认葡萄黄单胞菌与黄单胞菌无相关性，建议将这个种移出黄单胞菌属，成立一个新属。1990年б利时史温（J.Swings）等根据表形特征，遗传和化学特性的研究，提出油菜黄单胞菌水稻致病变种应提升为黄单胞菌属的一个种，命名为水稻黄单胞菌，包含两个致病变种，即水稻白叶枯病的病原菌X.oryzae pv.oryzoe和水稻细菌条斑病的病原菌X.oryzae pv.oryzicola。

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